監測人員應根據具體情況確定挑選出對解決問題最關鍵的指標，這樣不僅能較快的解決實際問題，而且能更合理地使用人力和經費。在選擇監測指標時，一般應遵循以下原則。

1．根據監測目的的選擇監測指標

例如，若要及時發現早期污染，可選擇對低濃度污染物敏感的動物行為反應或植物傷斑等易于觀測的指標。若要監測環境污染程度，可采用植物化學分析方法直接測定監測植物體內污染物的蓄積量。防空智能核生化控制中心的使用人防BK-RF037分析樹木年輪性狀可揭示當地污染歷史等等。

2．根據污染物的性質和毒理作用機制選擇監測指標

不同性質的污染物其毒理作用機制不同，會產生不同的毒性效應。例如，有些污染物能抑制光合作用，或抑制呼吸作用。選擇光合效率或呼吸速率作為監測指標就能達到監測這些污染物的目的。防空智能核生化控制中心的使用人防BK-RF037又如，有些污染物能刺激超氧化物岐化酶、過氧化氫酶及過氧化物酶活性，這些酶的活性就是有用的監測指標。

3．根據生物的特性選擇監測指標

監測生物可以是動物、植物或微生物；在結構上可以是單細胞的或多細胞的；在繁殖習性上可以是有性生殖或無性繁殖；在生態系統中所承擔的功能可以是生產者、消費者或分解者。這些差別都應在選擇監測指標時予以考慮。例如，可以選用動物監測具有神經毒性作用的污染物。又如，可用蚯蚓吞食土壤腐敗有機質的習性監測土壤金屬污染，等等。